การทดสอบเอฟ-22
การทดสอบเอฟ-22 เริ่มขึ้นเมื่อพ.ศ. 2540 และย่อลงเพื่อลดค่าใช้จ่ายในโครงการ แต่ความเสี่ยงเมื่อต้องทำการซ่อมแซม สำนักงานบัญชีของสหรัฐฯ เตือนว่า “มากไปกว่านั้น เครื่องยนต์และปัญหาในการอำพรางตัวถูกเปิดเผยโดยกระทรวงกลาโหมไปเรียบร้อยแล้ว และปัญหาที่เป็นไปได้ของระบบอิเล็กทรอนิกส์และซอฟต์แวร์ เน้นย้ำความต้องการที่จะสาธิตการทำงานของระบอาวุธผ่านการทดสอบการบินก่อนที่ขณะกรรมการจะให้ทำการผลิต”
แร็ปเตอร์ 4001 ถูกปลดประจำการและส่งไปที่ฐานทัพอากาศไรท์แพทเทอร์สันเพื่อนำไปทดสอบด้านความคงทน ส่วนที่ยังใช้ได้ของ 4001 จะถูกนำมาสร้างเอฟ-22 ลำใหม่ เอฟ-22 ที่พัฒนาอีกลำถูกปลดประจำการและส่งไปทำการสร้างใหม่ เครื่องบินทดสอบถูกเปลี่ยนให้เป็นแบบฝึกที่ฐานทัพอากาศทินดัลล์
ในวันที่ 3 พฤษภาคม พ.ศ. 2549 รายงานถูกเผยออกถึงรายละเอียดของโครงการพร้อมกับส่วนที่เป็นไทเทเนียมของเครื่องบินซึ่งไม่เหมาะกับความร้อน ทางการยังทำการสืบสวนปัญหาซึ่งส่งผลให้ส่วนที่เป็นไทเทเนียมดังกล่าวไม่ทำงานในอุณหภูมิสูง การทำงานยังคงดำเนินการอยู่เพื่อให้มันมีอายุการใช้งานได้ตามความคาดหมาย
กองบินเอฟ-22 เผชิญกับการดัดแปลงที่ฐานทัพอากาศฮิล และที่ฐานทัพอากาศเอ็ดเวิร์ดใกล้กับปาร์มเดลในแคลิฟอร์เนีย
ในโครงการเอ็นเอทีเอฟ (Navalized Advanced Tactical Fighter) เอฟ-22 สำหรับเรือบรรทุกเครื่องบินพร้อมปีกที่สามารถขยับได้ถูกนำเสนอให้กับกองทัพเรือสหรัฐฯ เพื่อใช้แทนที่เอฟ-14 ทอมแคทถึงแม้โครงการถูกยกเลิกในเวลาต่อมาในปีพ.ศ. 2536 เอฟ-22บีแบบสองที่นั่งถูกวางแผนสร้างขึ้นแต่ถูกยกเลิกในปีพ.ศ. 2539 เพื่อประหยัดงบประมาณในการพัฒนา
อีกรุ่นหนึ่งที่นำเสนอล่าสุดคือเอฟบี-22ซึ่งจะถูกใช้เป็นเครื่องบินจู่โจมทิ้งระเบิดสำหรับกองทัพอากาศสหรัฐฯ แต่ยังไม่มีการยืนยันว่ากองทัพอากาศจะดำเนินการพัฒนานี้ นอกจากนั้นยังมีเอ็ก-44 แมนทาที่ถูกวางแผนเป็นเครื่องบินทดสอบโดยมีพื้นฐานมาจากเอฟ-22 พร้อมกับการควบคุมแรงดันที่พัฒนาและไม่มีระบบอากาศพลศาสตร์สำรอง การให้ทุนสำหรับโครงการถูกหยุดชั่วคราวในปีพ.ศ. 2543